千年前、蒸気と鉄鋼に輝いた文明は突如として滅びた。 その残骸は魔力を帯びた「ダンジョン」となり、黒き瘴気と魔獣を生み出す脅威の源となる。 だが同時に、そこで得られる魔石は人々の暮らしを支える唯一の資源でもあった。
森と湖に囲まれた小さな村アルディナ。 そこには掟がある――「東の大樹海の《古き精霊のダンジョン》には決して近づくな」。 村の少年リオと幼なじみのセラ、カイルは、ある夏の日、その禁忌へと足を踏み入れてしまう。
迫り来る瘴気、祟り神の影。 大人たちでさえ恐れる脅威の前に、少年少女は「自分たちの手で確かめる」と決意する。
小さな村で芽吹いた冒険心は、やがて失われた千年の謎と、神々の真実へと繋がっていく――。