中世の町ロシュフォールで記録係を務める若き修道士マティアスは、文字と記録が人を救い、真実を残すものだと信じていた。だが、井戸水の異変をきっかけに、町はひとりの善良な男ジルを「毒を入れた者」として追い詰めていく。曖昧な証言、恐怖に押された住民、答えを先に持った取り調べ。マティアスは、記録が真実を守るどころか、人を裁くための道具にもなることを知る。

その後も町と周辺の村々では、異端の名簿、飢饉の配給表、魔女裁判の証言、子どもの言葉、裁判官自身を縛る手順、そして集団処刑を見物する人々の沈黙が、次々と人を追い詰めていく。誰かを救うはずの名簿は人を町の外へ押し出し、飢えを数える数字は空腹そのものを救えず、裁判記録は真実ではなく権威の都合を固めていく。無垢なはずの子どもの声さえ、大人が聞きたい形に変えられ、制度を作った者もまた制度によって潰される。

マティアスはそれぞれの惨劇を目撃しながら、公の記録には書けないことを密かに日記へ残していく。彼が書くのは、英雄の告発でも、誰かを一方的に断罪するための文でもない。恐怖の中で人が何を見ないことにしたのか、誰の声が押し潰されたのか、誰が沈黙によって裁き