連合軍内で増長した帝国軍マインズとその反乱軍グレイスカイ、この２つの勢力同士が衝突しつつあった。しかしマインズは間近に迫る異種族による大規模な連合残党軍との戦争に戦力を温存しなければならなかった。そこで主人公カイト率いる少数精鋭工作部隊「s任務部隊」を編成しグレイスカイ軍の本拠地の特定と破壊を命じる