普通の教室。静かな席の後ろで、誰にも話しかけられず息を潜める少年。
＿彼は、妹を守るために殺し屋になった。
天野零は、虐待と貧困の果てに殺し屋になった高校生。
生きる理由はたったひとつ＿妹の由愛の笑顔を守ること。
かつて所属していたブラック組織「ユグドラシル」から命を狙われ妹を守るために戦っていた零の前に現れたのは、
最強の殺し屋・操真椎菜だった。
彼女が率いる正義の殺し屋組織「ザ・ファントム」と共に少年は新たな生を見つけていく。
罪と正義の狭間で交差する、戦いと祈りの物語。