福岡県の田舎町に住む高校生、清水瑠衣(しみず　るい)は、毎朝5時40分発の始発列車に乗って通学している。 早朝の静寂と孤独な時間を愛する彼の日常は、いつも同じ時間に、同じ車両に乗り合わせる唯一の人物、冴季玲花（さえき れいか）の存在によって彩られている。
ある日を境に、二人は自然と隣同士に座るようになった。玲花の好きなファンタジー小説の貸し借りなどの交流は、瑠衣にとって一日で最初に会う人との大切な時間となる。
早朝の列車という限られた空間から始まった二人のささやかな日常があった。
しかし、<とある病>がきっかけで二人は「隣」について深く考えるようになる。
「隣」というキーワードを元に進んでいくこの物語が行き着く結末は…