空首が空を覆い、気まぐれに急襲されるため、人類はそれに恐怖していた。
しかし討伐隊の結成がされすでに８０年という年月が経ち、方角で隊を分けて派遣することで以前よりも格段に空首の被害を減らすことができ、確実に空首を始末できていた。
しかし最東端の村ムコウネで突如空首の襲撃が起き討伐隊の派遣が遅れてしまう。
主人公であるクロノは何とか空首を抑えるものの、東隊の隊長にそれを見られ討伐隊へ入ることを余儀なくされる。
果たして一体どうなってしまうのか…？