舞台は、魔法が奇跡ではなく、生活を支える巨大な体系（システム）として機能する王都アステリア。

主人公は、魔導具店『ガラクタ堂』の気だるげな店員レオ。彼は、強大な魔力を持たない代わりに、魔法の構造的欠陥や論理の穴を見つけ出し、常識外れの手段で解決する天才的な才能を持っていた。人々は彼の術を「裏口の詠唱（バックドア・キャスター）」と呼び、ある者は畏怖し、ある者は邪道だと蔑んだ。

ある日、王都の心臓部である「賢者の塔」が、未知の防護術式によって封鎖される。王国最強の魔導騎士団が挑むも、彼らの攻撃は吸収・変換され、より悪質な呪いとなって返ってくる。正攻法が一切通用しない知性を持った罠の前に、王国は機能不全に陥ってしまう。

窮地に陥った王国は、最後の望みをかけ、レオに協力を依頼する。生真面目な若手騎士アリアを相棒に、レオは塔の調査に乗り出す。チェックサム、暗号化、ウェーブフォーマット、リージョンロック――次々と現れる、神が設計したとしか思えない完璧な防護術式を、彼は驚くべき発想で次々とハッキングしていく。しかし、その先には、レオ自身の魔力回路を蝕む、最悪の時間差攻撃の罠が待ち受けていた。