大学生の佐藤健太は、大のファンタジーオタクであり、現実世界の退屈な日常を忘れるために異世界や魔法の物語に没頭していた。ある日、大学の図書館で不思議な本を手に取った瞬間、謎の光に包まれ、気がつくと無限に広がる魔法図書館に転生していた。突然の出来事に戸惑う健太だったが、彼はこの図書館の新しい管理人として選ばれたのだった。

魔法図書館は、古代の失われた魔法から未来の未知の魔法まで、世界中のあらゆる魔法書が集められた場所だった。健太は持ち前のオタク知識を活かし、図書館の機能を理解し、訪れる冒険者や学者たちに助言を与える日々を送ることになる。お調子者の魔法使いアリス、筋肉バカの戦士レオン、自由すぎる精霊たちと話す精霊使いエリカなど、個性豊かな仲間たちと共に、図書館の謎を解き明かしていく。

しかし、図書館の力を狙う悪の組織が現れ、健太たちは次々と襲いかかるトラブルに巻き込まれる。ギャグ満載のドタバタ劇の中で、健太は仲間たちと力を合わせ、図書館を守るために奮闘する。そして、禁断の魔法書に隠された強大な力を手に入れ、悪の組織との最終決戦に挑む。

笑いと涙が交錯する冒険の末に、健太は図書館の管理人