人類が地球軌道上の巨大居住施設ＳＬＥへ移住した後、地球は分断と混乱を深め、やがてホセ・ノーメンによる独裁国家「テラ帝国」が成立する。一方、ＳＬＥ側では理性を重んじる人々が地球外連合ＯＥＦを結成し、若き事務局長クリス・サマラスが中心人物として台頭する。量子コンピューター「イブ」と、選別者ヘンリー・ヤコブの遺志に導かれたクリスは、人類存続のため地球から距離を置く決断を下し、ＳＬＥ群を火星へ移動させて「火星政府」を樹立する。
火星では食料・言語・エネルギー・恒星間航行技術の開発が進められ、やがて太陽系外への移住計画が始動するが、地球側は火星政府を脅威と見なし、対立は避けられなくなる。さらに、かつて隔離されたミュータントの存在が、地球と火星双方の運命に影を落とす。クリスは自らの短い寿命を悟りつつも未来を託し、意識をデータとして残して人類を次の段階へ導く。物語は、地球人類と新たな人類が再び交わる遥かな未来への希望を示して幕を閉じる。