未知の惑星に不時着した主人公は、事故の衝撃で記憶が曖昧となり、声を出すことさえできなくなっていた。彼を発見したのは、元素を擬人化した知的生命体「元素体」たち。絶対的な指導者である「金」をはじめとする元素体は、高度な科学技術で主人公を治療し、保護する。
言葉を話せないながらも、主人公は友好的な「鉄」や、自身の毒性に苦悩する「水銀」といった個性豊かな元素体たちと交流を始める。やがて、その未知の知識を期待され「導師（ドクター）」という名を与えられた主人公は、彼らの社会に少しずつ受け入れられていく。
しかし、元素体の中には人間を「最悪の異種」と呼び、激しく憎悪する「プルトニウム」のような存在もいた。主人公の存在は、この星の平穏に静かな波紋を広げ、元素体たちが抱える内部の対立や葛藤を浮き彫りにしていく。
様々な思惑が交錯する中、主人公は生きるために必要な装備を与えられ、この星で生きていくことを決意する。自身の失われた過去の謎と、この星が秘める真実、そして人間を憎む者との避けられぬ対立に、彼はこれから立ち向かっていくことになるのだった。