「自殺病に罹った人は、もう二度と幸せになることはできない。そういう病気なんだよ」

世界には、人間の精神を汚染し、やがては自殺へと患者を導く精神疾患、自殺病が蔓延っている。
2000年、東京都八王子。
自殺病のウィルスを外部からの精神干渉によって、物理的に切除する"精神外科医"がいた。
医師である高畑圭介は、人間の精神内に夢を媒介として侵入できる能力を持つ、"マインドスイーパー"の少女、高畑汀と共に、自殺病患者の治療を行っている。

高畑汀は、半身不随の障害者である。
しかし彼女は、精神世界では無類の機動性と強さを併せ持っている。
圭介と汀が自殺病患者を"治療"していく中、精神外科を取り扱う赤十字病院のシステムが、テロリストにハックされてしまう。
汀に固執するテロリストの少年、一貴との出会いにより、亡くした記憶と自意識の間で苦しむ汀。

やがて精神外科に行われるテロ行為は加速していき、汀は自分という個意識を殺されてしまい、親友の理緒も精神に甚大な傷を受け、心が崩壊してしまう。
絶体絶命の中、テロリストの狙い、高畑圭介の策謀が明らかになっていく。
誰が正しいかも分からない、悪意が飛び交う