ヴェルスタミラ王国では１６歳になった者はルキアリム魔法学院への入学が許可される。

入学後生徒達は幽開術師により各々の秘めた魔力が判明される。

火を操る魔力、風を操る魔力など様々な魔力が判明されていく。

自身の魔力が判明することに期待を膨らませる心優しい主人公ナクトに下されたのは１０００年に１人の者に宿ると言われている『死霊を従わせる魔力』だった。

古くからの言い伝えにより死霊術師の降誕は災厄とされているため、ナクトは１６歳にして国から永久追放されてしまう。

悲嘆に暮れた少年の旅が今幕を開ける。