豪雨の翌朝、青年・貫人は川辺で波間を漂う青い小箱を拾う。中には、古びた時計の部品と一枚の記録カード、そして存在しないはずの「十一人目」の名前が記されていた。
調査に加わったのは、霊感を持ちながらも他人との距離を測り続けてきた和馬、冷静な分析力を持つ恵唯、細部を見逃さない修復士・琴葉。四人は、半世紀近く前に造成された住宅地「自然堤防地区」で、住民たちが互いの仕事や暮らしを交換しながら支え合っていた歴史を知る。
しかし、公式記録には契約住民は十人しか存在しない。それにもかかわらず、交換表には十一人分の役割が残り、時計の内部にも十一人目が関わった痕跡が刻まれていた。
調査を進めるうち、四人は「性能データ区域」と呼ばれる試験記録群へたどり着く。それは住民を数字だけで評価しようとした時代の名残だった。一方、地域の人々は数字では測れない助け合いによって洪水を乗り越えていた。止まった時計が示していた午後六時十二分は、災害の混乱ではなく、誰かが命を守るために未来を選んだ瞬間だったのである。
失われた十一人目の人生をたどる旅は、やがて四人自身の生き方も変えていく。正しさだけでは人は救えず、数字だけでは人