王都の裏路地にひっそりと佇む怪しげな万屋「賢者の小箱」。

店主は、かつて王国の表舞台から姿を消した天才錬金術師、リアム・クロムウェル。

彼は日々の生計を立てる傍ら、独自の「異物融合（イレギュラー・フュージョン）」の錬金術で、持ち込まれる様々な「困り事」を解決していた。

彼の傍らには、孤児だったところをリアムに拾われ、完璧な家事と無垢な笑顔で店を支える幼いメイド、リゼットがいる。

一見ガラクタだらけの店だが、本当に助けを求める者だけがたどり着き、リアムの錬金術とリゼットの愛らしいサポートによって、誰も予想だにしなかった奇跡が生まれていく。

しかし、リアムの過去は彼を解放せず、王国の一部の勢力は、彼の隠れた才能と秘密に静かに目を光らせていた。

今日も「賢者の小箱」の扉が開き、新たな物語が始まる。