現代日本。
海洋系大学に通う学生・永谷 湊（ながたに　みなと）は、卒業研究の一環として鯨類の音響データを解析する中で、既存の論文やデータベースのいずれにも該当しない“未知の鳴き声”を発見する。
地方紙に小さく載った鯨影目撃記事、断片的な漁師の証言、そして過去の未整理資料。
調査を重ねるうち、湊はある仮説に辿り着く――この沿岸には、いまだ記載されていない鯨類が生息している可能性がある。
永谷 湊は、海に名を与えるためではなく、
「確かに、ここにいた」という事実を未来へ残すために、海へと向かう。