西暦2324年の日本。人間同士の性行為は「未許可性交」として禁止され、すべての市民には18歳になると「セクスロイド」が支給される社会となっていた。この制度を管理しているのは巨大企業NeoGenesisであり、その実質的支配下で人々は感情を抑圧され、管理された生活を送っていた。
物語は、NeoGenesisの保守部門に勤める30歳の浅間陽翔と、新たに情報分析部に配属された25歳の結城志乃の偶然の出会いから始まる。二人は社会の表向きの安定の裏に潜む違和感を共有し、次第に心を通わせていく。それぞれがセクスロイドとの関係に満たされない虚しさを感じていた彼らは、タブーを破り、人間同士の関係へと踏み出す。
一方、NeoGenesisの研究開発部門では、技術者の黒田駿が密かに「感情解放プログラム」を開発。このプログラムを最新型アンドロイド「クロエ」に埋め込み、彼女に自我を目覚めさせることに成功する。
陽翔と志乃は、かつての同僚である真壁隼人が率いる反体制組織「レジスタンス」と接触し、そこでNeoGenesisの恐るべき計画「エクスシルヴィア計画」の存在を知る。それは、人間の感情を完全に支配するための