「これだけは言っておこう。神が人間を見捨てたわけではない。神と人間が互いに互いを理解できなくなったんだ。だから俺は奴らを殺す。」

人々の拠り所が次第に無くなっていた時代に神はNOを突きつけた。過去に人々を導いた神々の多くは人類の手綱を再び握ろうとし、過去の信仰の影を引き連れて体制転換を狙う。其らは「無影主」と呼ばれ、相対する各国政府は「神」という名のバイオハザードへの対処に追われる。日本政府は従順な神を『兵器』として利用する治安維持組織―通称『特神課』を設立し、この荒波を乗り切ろうとした。

主人公は没落した神職の末裔「濱名巳弦（ハマナミヅル）」。彼は過去の一族が祀り堕とした神の呪いを一身に背負い、特神三課の執行官として相棒の有影主「御蔵主（ミクラノヌシ）」の監視をしつつ共に国内の不安定分子を除去する。巳弦にとって御蔵主は相棒であり、背中を預け合う関係であるものの、その背を離れたら自身の手で殺す。

2人は今日も哀れな害獣に成り下がった神を形式的な祈りとともに黒い死体袋に詰める。

豊穣の神がシャッター街で贄と称して女や子供を攫っていた。対象の無い巳弦の祈りは一発の弾丸のため。2人が