異世界から帰還した主人公は、異世界で手に入れた未知の植物や金属を、幼馴染であり巨大企業グループの令嬢である彼女に提供し、地球の技術革新を加速させていった。
やがて主人公自身も転移魔法を応用し、別星系に研究所を構えるまでになる。

しかし、その圧倒的技術力は世界の均衡を乱し、主人公は何者かの襲撃を受ける。
幼馴染を庇って致命傷を負った彼を救ったのは、異世界から共に帰還した幼馴染そっくりのホムンクルスだった。
彼女は主人公を研究所へ運び、治療ポッドに収める。だが、その再生には途方もない年月が必要だった。

そして 数千年後。
人類は宇宙へ進出し、星々にコロニーを築き、銀河帝国や銀河王国といった超国家が乱立する時代へと変貌していた。

長い眠りから目覚めた主人公を待っていたのは、すでに亡き幼馴染の事実と、彼女の面影を宿すホムンクルスだけ。
失われた時間と、変わり果てた銀河を前に、主人公は新たな宇宙の冒険へと踏み出す。