IT企業のプログラマーだった佐藤遥人は、終電を逃した帰り道に交通事故で命を落とし、気がつくと自分が開発に携わっていたMMORPG「クロニクル・オブ・アルカディア」によく似た異世界に転生した。
彼が転生したのは、名門魔導師一族アルマディア家の三男ルーク。しかし彼は「どの属性の魔法にも微かな適性しか持たない」という、魔法使いとして最悪の状態で、家族や学友から「最弱の魔導師」と蔑まれる存在だった。
絶望的な状況の中、ルークは「ゲームマスター」という特殊能力を発現させる。この能力によって、世界をゲームのようにデータ化して見ることができ、モンスターのステータスや弱点、隠されたダンジョンの位置など、通常では見えない情報を把握できるようになる。
前世でのゲーム知識と「ゲームマスター」能力を駆使し、ルークは誰も攻略していない秘境ダンジョンに挑戦。そこで眠る古代魔法や失われた宝を次々と発見していく。