旧東京が死都となり、神奈川全域が魔導科学都市圏として再編された都市――帝都エデン。

その片隅で、蒼原サキは追われていた。

彼女はかつて、死都東京外縁部の氷棺から発掘された少女だった。弟ユウリと共に眠っていたはずの彼女は、魔導結社Ｍ∴Ｒ∴によって実験体にされ、薔薇型魔導生体ナノマシンを埋め込まれた生体兵器《ローゼンマスク》へと改造される。

だが、サキは自分を兵器とは認めない。
自分を怪物とも認められない。
ただ弟に見つけてもらうため、名前だけは変えずに生き延びていた。

そんなサキを「ローゼンマスク」ではなく「サキ」と呼び続ける少女がいた。
修理屋の娘、イツキ。
明るく、少し強引で、怖くてもサキの隣から逃げない少女。

Ｍ∴Ｒ∴はサキを再回収するため、死都由来のＥＸキメラ、戦闘人格ロゼ、仮面術式、そしてイツキを利用した支援兵器《アピス・ユニット》まで投入する。
さらに黒幕マダム・ヴィーは、サキと弟ユウリを使い、名前と記憶を持ったまま命令に逆らえない兵士を作る《ローゼン・プロトコル》を完成させようとしていた。

奪われた名前。
書き換えられた身体。
植え付けられた怒り。
それでも、少