現代日本で働く30歳のシステムエンジニア・タカは、連日の過労の末に気を失い、中世ファンタジー風の異世界「ルミナリス王国」へと転移してしまう。 剣の才能も魔力も持たない彼だったが、自らの視界に世界の変数値やプロセスを可視化し、干渉できる「Guest（ゲスト）権限」という特殊なデバッグ能力が備わっていることに気づく。

街の路地裏に倒れていたタカは、寂れた神社の巫女である狐耳の少女・フェルに命を救われる。しかし彼女は、悪徳商人によって莫大な借金を背負わされる窮地にあった。タカは恩に報いるため、自身の能力とSEとしての論理的思考を駆使して契約システムの綻びを見つけ出し、借金問題を解決する。

その後、生活基盤を得るために冒険者ギルドへ登録した二人は、ステータス偽装の異常な手口に興味を持った天才魔導研究者のエルフ・リーゼロッテに目をつけられ、行動を共にすることになる。さらに数日後、森の調査クエストに向かった彼らは、謎のバグによって「キメラ化」した魔物と交戦していた王都の女性騎士隊長・アリアを、間一髪のシステム介入で救出する。

異常な魔物を撃破したタカは、残された魔物の核から『Administ