魔法が科学のように発達した現代。魔法学校高等部2年生の雛田比奈は、海辺で古びた祠を見つける。祠から聞こえる声に導かれるまま呪文を唱えると、現れたのはなんと500年前に悪行の限りを尽くしたと言われている『海の魔女』だった。
とんでもないことをしてしまったと焦る比奈に、『海の魔女』は自分に悪意が無いことと、「人の子の推しぴになりたい」ということを告げる。孤独だったであろう彼女に同情した比奈は、『海の魔女』に協力することを決意するが――。

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