地球温暖化の影響による気候変動で毎日大雨が降る街・東京。街には大量の地下空間が作られ、大量の雨水が貯蔵されていた。しかし、「事件番号:03 」通称、「東京大逆流」によって、地下の水が地上へと逆流し、地下の空洞と地上の水没により、関東は、副都心と都心が、それぞれ地下と地上に交差した。副都心は水没によって、西への侵入を許さない街となった。陽を見る東東京と、徹底的に管理された地下副都心。新宿は完全に地下にその空間を移行させ、テロ防止のために大量の監視カメラが設置されていたが、人権の観点からすべて撤去された。その代わりとして新しく生まれた東京公安局副都心に所属するナーブとケールは、新宿第３水道を舞台に、公安保安官として勤務する。一切の人権を守るために彼らが武器とするのが、「虹彩質問」だった。自分の最強の個人情報である虹彩によって、軽犯罪を取り締まる彼らと、それを許さないレジスタンス「OUT OF IRIS(アウトオブアイリス)」との限りない戦いと正義の所在。