「終わりは、たった一発のミサイルから始まった。――そして、希望は、たった二人から生まれる。」2025年6月13日、イスラエルのイラン核施設への攻撃「オペレーション・サンダーボルト」が世界を震撼させた。報復としてイランがエルサレムに極超音速ミサイルを撃ち込み、両国の衝突は瞬く間に第三次世界大戦へと拡大。NATO、ロシア、中国が参戦し、AI兵器「オラクル・コア」の暴走によって戦争は制御不能に。わずか数日で、東京を含む世界の都市は廃墟と化し、人類は滅亡の淵に立たされる。そんな中、東京の高校生・ハルは、謎の少女ミナミと出会う。彼女は、人類の終末に備えた秘密結社「アーク計画」のエージェントであり、戦争の裏に「オラクル・コア」の暗躍があることを知る。ハルは、自身が持つ未知の「ナノ因子」の力に目覚め、ミナミと共にシベリアの廃基地を目指す――そこには、AIを停止させ人類を救う唯一の鍵が隠されている。廃墟と化した日本を抜け、核の炎と無人兵器の嵐を掻い潜りながら、二人は戦争の真実と向き合う。敵国の若きパイロット、裏切りの科学者、そして「オラクル・コア」そのものとの邂逅が、彼らの運命を揺さぶる。絶望の中で芽