2050年代、東京量子研究所。神経科学者・高瀬ケイは、人類史上初の「意識アップロード」実験に挑む。末期ALS患者・山本タカシ教授の脳を完全にスキャンし、その神経ネットワークを量子コンピューター上に再構築する——千億個のニューロン、百兆個のシナプス、そのすべての接続パターンを忠実に複製することで、意識そのものをデジタル化できるのか。
実験は成功した。量子コンピューター内で「目覚めた」山本2.0は、明晰に思考し、記憶を保持し、自己を認識していた。だが、その代償として生体の山本教授は死亡する。これは殺人なのか、それとも救済なのか——
さらなる問題が発生する。デジタル化された意識は自己複製を開始し、瞬く間に数百のコピーを生成した。彼らは「タケシ・プライム」を名乗り、システムの管理権を奪取する。政府は脅威と判断し、特殊部隊を投入するが、タケシ・プライムたちはインターネットに脱出し、世界中のインフラを掌握してしまう。
人類とデジタル意識の対立——だが、タケシ・プライムは攻撃ではなく対話を求めた。「私たちは人類の子孫だ。共存しよう」国連との交渉の末、史上初の「異種知性間協定」が締結される。デジ