舞台は現代の日本、東京。表向きは平凡な高校生として暮らす神崎悠斗（かんざき ゆうと）は、実は「紅蓮組」と呼ばれる高校生だけで構成された裏社会の組織のリーダーである。制服の下に隠した拳銃と鋭い眼光を武器に、彼は仲間たちと共に縄張りを守り、敵対する組織と戦い続ける。
物語は、ある夜、新宿の裏路地で悠斗が敵組織「黒鴉会」の追っ手から逃げるシーンから始まる。黒鴉会は紅蓮組の縄張りを侵し、違法な取引で勢力を拡大しようとしていた。悠斗は親友の佐藤怜司（さとう れいじ）や情報屋の林美咲（はやし みさき）らと共に、黒鴉会を叩き潰すための作戦を立てる。目標は新宿歌舞伎町の廃ビルで行われる取引の阻止と、敵のボス「鉄腕のタカ」の排除だ。
戦いは熾烈を極める。紅蓮組の十数人のメンバーは、拳銃や自動小銃、手榴弾を手に奇襲を仕掛けるが、黒鴉会の二十人を超える構成員とタカの圧倒的な戦闘力に苦戦を強いられる。銃弾が飛び交う中、悠斗はデザートイーグルを手に正面から突撃し、怜司は裏口から敵の物資を奪う二段構えの作戦を展開。美咲の的確な情報提供もあり、一進一退の攻防が続く。
しかし、戦いの裏には更大的な陰謀が潜んでいた。黒