辺境の港を巡る運び屋の少女ミレアは、古い宇宙船《ノクターン号》で小さな配送仕事を請け負いながら、今日も星々のあいだを飛んでいた。

ある日、彼女の船に密航していた少年エイルが見つかる。行き場を失った彼を乗せたまま、ミレアは新たな依頼品――黒い箱を届けるため、海の星リュミナへ向かう。

明るい海に覆われたリュミナで、ふたりは沈んだ航路、古い観測施設、消された座標の謎に巻き込まれていく。依頼品の受取人を探すだけだった旅は、やがて失われた航路の記録へと繋がっていく。

荷物を届けるたびに、少しずつ見えてくる銀河の異変。
古い宇宙船と、旅に慣れた少女と、旅を始めた少年。

《ノクターン号》は今日も、次の港へ飛ぶ。