現代の東京。平凡な高校生、海斗は、ある日突然、自身が古代都市アトランティスの末裔であり、特殊な異能「ポセイドンの血脈」を受け継いでいることを知る。時を同じくして、東京の地下には、アトランティスの遺産を狙う謎の組織「レヴィアタン」が暗躍し始めていた。

アトランティスの遺産は、強大な異能を引き出す力を持つと言われ、レヴィアタンはそれを手に入れ、世界を支配しようと企んでいた。海斗は、同じくアトランティスの末裔であるアスカ、リュウと出会い、彼らと共にレヴィアタンの野望を阻止するため、異能バトルを繰り広げることになる。

しかし、海斗たちは、異能を使いこなすことの難しさや、レヴィアタンとの戦いを通して、アトランティスの過去、そして自身の宿命と向き合っていく。アトランティスは、高度な文明を持っていたが、ある日突然、海に沈んでしまったという。レヴィアタンは、アトランティス滅亡の秘密を知り、その力を利用しようとしているらしい。

海斗たちは、アトランティスの遺跡を探索し、そこでアトランティスの記憶が記録されたクリスタルを発見する。クリスタルに触れた海斗は、アトランティスの過去の映像を見る