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ここ数年、日本国内ではかつてない異常事案が多発していた。真和会による組織的攻撃、生物学的に説明不可能な現象、そして突如として巻き起こる不可解な異常事件の急増──。いずれも警察の常規の枠を超え、既存の法や科学では到底対処できないものばかりだった。

この状況を重く見た石田内閣は、世間には一切公表せず、極秘裏に新たな組織「警視庁 特務研究教育機構（通称：T.R.E.I）」を創設する。任務は、表の警察組織では手に負えない異常事案の調査・封鎖・解析。だが、組織が拠点を構えるその町には、誰にも語られず、目には見えず、しかし確かに存在する――異常存在（Entity） が潜んでいた。

T.R.E.Iの捜査官たちは、科学と理論の常識を超えた現象に直面し、己の信念と理性を試されることになる。果たして人間は、この不可解な脅威を前にして生き延びることができるのか──。