佐藤悠真、33歳の主任SEは、2014年2月14日、大雪の横浜で事故死し、異世界エクリシアにシルヴィアとして転生。
父ハロルドと母エリナに育てられ、コードブレイカーとして神聖OSを操る。
初ログインで「root」とブランクパスワードを使い、村を輝かせ「女神の使者」と呼ばれる。
山田梨奈、27歳の部下は同日渋谷で死亡、リナリアとして転生。6年早い転生で年齢逆転し、シルヴィアを「佐藤さん」と呼び、姉貴分として支える。
シルヴィアは前司祭バルドの食料独占を暴き、村の食料分配を効率化。集会で緑の光で分配ルールを投影、村民から「女神の奇跡」と讃えられる。
リナリアが渡した花束がバレンタインのチョコ回想を呼び、同じ転生者としての絆を深める。
司祭ユアンの古文書と助言、リナリアの剣技に支えられ、女神教腐敗を企むハッカー集団バークリーに挑む――