神話、伝承、都市伝説。
かつてオカルトと呼ばれた超常現象は、「神格」を現世に降ろす現代魔法として体系化され、国家の巨大な軍事力となっていた。
最高位の神格を持つエリートたち「神坐」が通う、国内最高峰の第一神祇教導院。
そこに一人の少年・御影刃（みかげ じん）が入学する。
彼が降ろせるのは、名もなき低級な妖怪の伝承のみ。魔力出力も最低ランクの刃は、エリートたちから「無縁」と蔑まれ、底辺クラスに押し込められる。
だが、学園の誰も知らない。
彼こそが、日本の裏の首都「出雲」の最深部で、黄泉の門を監視し続けてきた最恐の暗殺一族の最高傑作であることを。
華やかなエリートたちの「神格魔法」は、ルールを持った強力な怪異（都市伝説）や、狡猾なテロリスト、他国の暗殺者たちには通じない。
誰もが絶望する理不尽な脅威に対し、刃は自身の身を削り、泥臭い罠と「概念の書き換え（バグ技）」をもって、冷酷かつ完璧に敵を解体していく。