宇宙の始まりから存在すると言われる聖域、オリジン。そこには神々によって創られた楽園「ゴッドアルカディア」がありました。この地は秩序と平和に満ち溢れていました。
しかし、平穏な日々は突如として終わりを告げます。暗黒の力を持つカオスデストロイヤーが楽園に侵入し、その圧倒的な力でゴッドアルカディアを脅かしました。秩序の守護者・アリアナ・コスモスはカオスデストロイヤーに立ち向かいましたが、その力は彼女の想像を超えるもので、楽園を守ることはできませんでした。辛くも側近に守られ、彼女は落ち延びることとなります。
この危機を乗り越え、楽園を取り戻すため、アリアナ・コスモスは2024年の地球からケンという青年のスピリットを召喚しました。この世界では彼は「ゼオライト」と呼ばれ、セレスティアル・バトルマスターを目指すこととなります。彼に与えられた使命は、ゴッドアルカディアをカオスデストロイヤーの手から取り戻すことです。
ゼオライトは、アリアナ・コスモスとともに、カオスデストロイヤーに立ち向かうための仲間を集めます。彼らの中には、時空を越える力を持つオムニ・コンクエスト、星々の魔法を操るカエルム・ミス